В 1980-х годах в церкви располагались механические мастерские совхоза. После их вывода брошенное здание разрушалось. Реставраторы монументальной живописи ГосНИИР работали в это время в Троице-Гледенском соборе поселка Морозовица. В 1995 г., случайно зайдя в Спасскую церковь, один из них, А. Девятков, обнаружил на стенах четверяка росписи, открывшиеся из-под рассыпавшихся слоев покрасок.
В простенке окон северной стены реставраторы смогли прочитать остатки надписи с именем художника Федора Шеина и указание времени исполнения им росписи – 1778 год.
Эти сведения соответствовали ранее найденным в районном архиве О.Б. Зенковой, в то время зав. Гледенским филиалом Великоустюгского музея-заповедника.
С момента обнаружения живописи специалистов института не покидала мысль о ее спасении. Процессы разрушения с каждым годом проявлялись все больше: не только продолжали осыпаться слои покрасок, обнажая все новые участки росписи, но начались процессы разрушения самих росписей.
Не было никакой надежды, что храм будет восстановлен как приходской, или поставлен на государственную охрану и реставрирован.
Реставраторами института вместе с сотрудниками Великоустюгского музея-заповедника (директором А.Б. Андреевой, главным хранителем О.П. Тютриной и др.) было принято решение о снятии сохранившихся фрагментов росписей со стен, реставрации их в отделе монументальной живописи ГосНИИР и возвращении затем в Великий Устюг для экспонирования в музее.
В 2002 – 2005 гг. несколько фрагментов живописи было снято со стен и в процессе этой работы были отработаны приемы, которые могли быть использованы и для других памятников.